Het doel van het spel is om het hele bord van lood in goud te veranderen. Je kunt dit doen door runen op ieder vierkant te plaatsen. Nadat een rune op een vierkant geplaatst is, verandert dit vierkant in goud. Iedere rune die je plaatst moet je naast een andere rune plaatsen. Een rune die je plaatst moet dezelfde kleur en/of vorm hebben als alle aangrenzende runen. Als je een rij of kolom volledig met runen vult, dan verdwijnt deze. Hierdoor heb je meer ruimte om de volgende runen te plaatsen.

Je kunt runen weggooien door op de "Gooi weg" knop te klikken of door de rechter muisknop te gebruiken. Je kunt drie keer achter elkaar een rune weggooien. De vierde rune die je weggooit, stopt je spel. Gelukkig neemt de temperatuur van de ketel af met iedere rune die je plaatst. Naast een grijze steen kun je iedere rune plaatsen. Schedels vernietigen de runen waarop ze geplaatst worden. Dit kan een voordeel of een nadeel zijn.

Alchemy heeft drie niveaus. Deste hoger het level deste moeilijker het is om de runen te plaatsen. Als het je lukt, dan verdien je meer punten in de hogere niveaus.

Gebruik je muis om de runen te plaatsen. Klik met de linker muisknop op het vierkant waarop je de rune wilt plaatsen. Je kunt de rechter muisknop gebruiken om een rune weg te gooien.

Je krijgt punten voor iedere rune die je plaatst. Je krijgt bonuspunten voor iedere volledige kolom of rij. Tot slot, je krijgt bonuspunten als je het hele bord in goud verandert.

Het volgende level begint als je het hele bord in goud hebt veranderd.